Bayındırlık ve İskan Bakanı Abdülkadir Akcan'ın Arnavutköy-Kandilli arasında üçüncü köprü yapılacağını açıklaması konuyu bir kez daha gündeme getirdi. 2005 yılında bitirileceğini duyurduğu köprüye karşı yükselen tepkileri yanıtlayan Bakan Akcan, İstanbul Boğazı'na üçüncü köprünün dört beş yıl içinde gerekli hale geleceğini savunarak, "Arnavutköy'de dört beş kişinin keyfi kaçacak diye bu tip prestij projelerinden Türkiye vazgeçemez" dedi. Akcan'ın açıklamasına göre köprü 750-800 milyon dolara mal olacak. Ancak şu anda köprü için parasal kaynak bulunmuyor. Bu nedenle yap-işlet-devret modelinin uygulanabileceği belirtiliyor.
Abdülkadir Akcan'ın üçüncü köprü projesine çeşitli kesimlerden tepkiler yükseldi. Üniversiteler ve meslek odaları, 3. Köprü'nün ulaşıma çözüm olmayacağını, tersine daha çok aracın kent trafiğine çıkmasına yol açacağını belirtiyor. Köprünün imar planı onayının bulunmadığını, geçmiş yıllarda 3 No.lu Koruma Kurulu'nun da köprü projesine onay vermediğini, yeni köprünün, tarihi dokuya zarar vereceğini ve yeşil alan tahribatına yol açacağını vurgulayan bilim adamları Türkiye'de bu projeyi destekleyen güçlü bir karayolu ve Boğaz köprüleri lobisinin bulunduğuna dikkat çekiyor.
TMMOB'un hazırladığı raporda da ulaşım politikasını belirleyecek temel tercihin araçların değil insanların hareket ettirilmesi olması gerektiği vurgulanırken mevcut köprülerde de insan geçişlerinin artmadığı, yalnızca geçiş yapan araçların sayısının arttığı belirtiliyor.
3. Boğaz Köprüsü'ne Nazım Plan'a aykırı, tarihi ve doğal dokuya zarar verici, yeni çevre yolları ve şehiriçi arterlerinin yapılmasına neden olacağı, arsa spekülasyonuna açık bir şehir biçimi yaratacağı için karşı çıkılırken konu UNESCO gündemine de girdi. ICOMOS Risk Altındaki Dünya Mirası 2001-2002 Raporu'nda 3. Boğaz Köprüsü'ne özel bir yer verildi. Raporda köprü projesinin Kandilli ve Arnavutköy'deki yeşil alanlara ve tarihi dokuya zarar vereceği belirtiliyor. 3. Boğaz Köprüsü projesi TBMM'de de sert tepkilerle karşılandı. DSP İstanbul Milletvekili Zafer Güler, "Projenin tasarlandığı bölgelerde otobanların çevresi ve Hazine arazileri çoktan yağmalandı. Uzun zamandır birçok rantçı ve arazi mafyası bu işin yapılması için bakanlıkta çadır kurdu. İlgili bakanlıklarda ve belediyelerde kapalı kapılar ardında pazarlık yapanların gün ışığına çıkartılması gerekiyor. Bürokratlar ve rantçılar İstanbul'dan elini çekmeli" dedi.